SNT社より回答がありました。
リリースコンフィグレーションにミスがあったようです。

現状、QUPのWindows版3.9 (インストーラ qualnet-3.9-university-MANET-QoS-installer.exe / qualnet-3.9-university-full-installer.exe)には、MANET関連の verification シナリオが含まれていません。
まもなく修正されたインストーラがアップされるはずです。

Windows版をお使いのQUPユーザの方でお急ぎの方は、同ダウンロードページからUNIX版 (qualnet-3.9-university-MANET-QoS.tar.gz / qualnet-3.9-university-full.tar.gz) がダウンロードできます。
これには件のMANET関連の verification シナリオが含まれておりますので、こちらを展開して必要なファイルをWindows環境から利用してください。
ソースやシナリオファイルはWindows版と同じ内容になっています。