フォーラム(post354) にも回答しましたが、Programmer's Guide の図(Figure)の説明は、その図の直前にある場合が多いです。どのファイルを修正すべきかはマニュアルのその図についての説明を読んでみてください。

前回回答しましたように、Figure 4-40 は、 QUALNET_HOME/transport/transport.cpp の内容なので、transport.cpp を編集してください。Figure 4-40 では、関数 TRANSPORT_Initialize() の最後に追加コードを記述すべきことを示しています。