できると思います。

$QUALNET_HOME/mobility/mobility_waypoint.cpp 内の
MOBILITY_WaypointInit 関数で、乱数のパラメータと
乱数タイプを読み込むように変更する必要があります。

以下、一様乱数でpause time を設定したい場合の例です。

まず、config ファイル中にPuaseパターンを
設定したいノード x(xはノードID）について、

[x] MOBILITY-RANDOM-WAYPOINT-POUSETYPE UNIFORM
のように定義します。MOBILITY-RANDOM-WAYPOINT-POUSETYPEは
ユーザー定義のタグですのでNobuhikoさんがご自由に定義してください。

これをMOBILITY_WaypointInit 関数内で
IO_ReadString(nodeid,ANY_ADDRESS,nodeInput,"MOBILITY-RANDOM-WAYPOINT-PAUSETYPE",
&wasFound,buf);
を呼び出して取得します。

UNIFORM の場合、乱数の下限、上限が必要となると思いますので、
同様に
[x] MOBILITY-RANDOM-WAYPOINT-UNIFORM-LOWER-LIMIT 10S,
[x] MOBILITY-RANDOM-WAYPOINT-UNIFORM-UPPER-LIMIT 20S,
といったものをconfigファイルに設定します。
これをIO_ReadString で 読み込みます。ただしパラメータの単位は
時間ですので、読み込んだ値は String->時間(clocktype型）に
変更する必要があるのでTime_ConvertToClock でclocktype型に治します。

あとはこれらのパラメータを用いて一様乱数を発生させ、
その値を関数内ローカル変数の mobilityPause に代入してあげれば
よいと思いますよ。

また、pause time を一定時間とする通常のrandom-waypointモデル
も使用したい場合には、

IO_ReadString(nodeid,ANY_ADDRESS,nodeInput,"MOBILITY-RANDOM-WAYPOINT-PAUSETYPE",
&wasFound,buf);

if (wasFound == TRUE)
{
乱数パラメータの読み込み
}
else
{
通常のrandom-waypoint のデータ読み込み
}

としてあげればよいと思います。

GUIでパラメータ設定を行いたい場合には下記を参照してください。
http://simweb.kke.co.jp/qualnet/forum/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=12&forum=2