引用：

残念ながらIDE上ではこのような設定は行えません。IDE上では発生させるアプリケーションは基本的にユーザー設定が必要です。

ただし、シミュレーションシナリオのアプリケーション設定(当該シナリオファイルが格納されているフォルダの .app ファイル）をスクリプト等で作成することは可能です。
作成した .app ファイルのフルパスを .config　ファイル中で指定する必要があります。

この場合、IDEからシミュレーションを実行するのではなく、コマンドプロンプト（あるいはターミナル）で qualnet xxxx.config のようにして実行してください。

また、コマンドプロンプトで実行するとアニメーションが行えませんが、qaulnet xxxx.config -animate > anim.trc とすることで、anim.trcにアニメーション用のログファイルが作成されます。このファイルをIDEのFileSystem ツリー上で右クリックし"Execute"メニューを選択するとアニメーションが再生できますよ。