今までQualNet 5.0.2 を使い32bitプログラムを開発しておりましたが、使用メモリが2GByteを超えましたので、64bitプログラムに移行しようと思っております。
.NET Framework 3.5 SP1をインストールし、Programmer's Guideで言うところの2.2.3.2の
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all:
cd main
nmake -f Makefile-windows-vc9
rebuild:
cd main
nmake -f Makefile-windows-vc9 clean
nmake -f Makefile-windows-vc9

clean:
cd main
nmake -f Makefile-windows-vc9 clean
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を
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all:
cd main
nmake -f Makefile-windows-x64-vc9e
rebuild:
cd main
nmake -f Makefile-windows-x64-vc9e clean
nmake -f Makefile-windows-x64-vc9e

clean:
cd main
nmake -f Makefile-windows-x64-vc9e clean
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に変更しましたが、以下のエラーコードがでてしまいます。
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1>../kernel/obj/mobility_private.o-windows-x64-vc9e : fatal error LNK1112: モジュールのコンピュータの種類 'x64' は対象コンピュータの種類 'X86' と競合しています。
1>NMAKE : fatal error U1077: '"C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\bin\lib.EXE"' : リターン コード '0x458'
1>Stop.
1>NMAKE : fatal error U1077: '"C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\bin\nmake.EXE"' : リターン コード '0x2'
1>Stop.
1>Project : error PRJ0019: ツールはエラー コードを返しました : "メイクファイル プロジェクト動作を実行しています。"
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Makefile-windows-vc9でコンパイルする際は問題なく動作します。また、自分で作成したプログラムは全て削除した際(クリーンな状態)にも同様のエラーとなります。
また、Programmer's Guide 2.2.2のqualnet-precompiled-64bit.exeもインストールされておりません(再インスートールしても同様)。
当方、以下の環境ですが64bitプログラムにするためのアドバイスをお願いします。

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QualNet 5.0.2
Windows7 Ultimate(64bit) (ビルド7601:SP1)
Visual Studio 2008 9.0.30729.1 SP
.NET Framework 3.5 SP1
CPU:Xeon W3520
RAM:12GB

通常のコマンドプロンプトを使っていませんか？

http://www.microsoft.com/download/en/details.aspx?displaylang=en&id=18950
Windows SDK v7.0 for Windows 7 and .NET Framework 3.5 SP1
をインストールし（導入済？）、スタートメニュー->Microsoft Windows SDK v7.0->CMD Shellを起動してください。
黄色い文字が表示されていればOKです。

このCMD Shellを使用すればコンパイルできるはずです。

scallion さんご返信ありがとうございます。

黄色いshellで64bitコンパイルできました。しかし、Visual C++ Express (GUI) でコンパイルができません。デバッグ作業などどうしてもこちらが便利ですので(特にエラーコードの出力など)、利用したいと思っております。
コマンドベース以外でのコンパイル法がありましたら、教えていただきたく思います。

以下を試してみてください。私はこの方法でVC++ ExpressのGUIで64bitコンパイルをできるようにしています。

既にVisual Studio 2008とWindows SDKのインストールが終わっている状態で、下記の操作をしてください。

1. Windows SDK 7.0 と Visual Studio 2008 を統合させます。

->メニューよりWindows SDK Configuration Tool(WindowsSDKに含まれています)を起動し、ダイアログのリストからv7.0を選択、またVisual Studio Versionsは2008を選択して"Make Current"ボタンを押します。

2. エクスプローラで C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\vcpackagesを開きます。

3. AMD64.VCPlatform.config を AMD64.VCPlatform.Express.configとしてコピーします。

4. Itanium.VCPlatform.config を Itanium.VCPlatform.Express.configとしてコピーします。

(4はQualNetには関係ありません。)

以上で x64/IA-64 アプリのビルドが可能になります。
注意点として、Visual C++ 2008 Express Edition 側は SP1 である必要があります。
これは、Windows SDK 7.0 に付属する Visual C++ 2008 コンパイラにはSP1 が適用されているためです。

上記情報は下記サイトに掲載されています。
http://www.i-keisuke.net/tips/vc64bit.html
http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en/vcgeneral/thread/a47f4441-2396-4d69-bd7f-0183d092ca06
なおMicrosoftの公式なページには説明が見当たりません。

上記設定が終わりましたら、以下のサイトに書かれている情報に基づいて設定いただければGUIからも64ビット環境がビルドできるようになります。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/9yb4317s(v=vs.90).aspx

mastさん。ご返信ありがとうございます。

VC++ 2008 Express で64bitコンパイルができました。32bitで発生していたRan out of Memory.エラーも解消され、研究を進めることができるようになりました。
scallionさんも含めまして、早々のご助言ありがとうございます。これからもよろしくお願いします。