初めまして、まだQualNetを使い始めたばかりの初心者です。

アプリケーション層でパケットを送る間隔を設定し、さらにACKが帰ってこない場合にパケットを再送するといったことをできるようにしたいです。

CBRもしくはFTPを参考に作りたいと思っているのですがよくわかりません。どなたか教えていただけませんか？
よろしくお願いします。

CBRは一方的にデータを送りつけるモデルなので、
送信先からの応答を処理する仕組みは入っていません。

FTPはFTPプロトコルの処理部分があるので、
少しごちゃごちゃしています。

Super Application Traffic Generator であれば
その名の通り Superなので、なんでもありです。
実装されているソースコードは1万行を超えますが、
関係することろを拾い読みすれば参考になると思います。

ありがとうございます。
Super Application Traffic Generatorを頑張ってみて見ようと思います。