QualNet 3.9 Programmer's Guideを見てTransporをいじっているのですが、105ページのtrace.hを書き換える際、FIGURE4-38は3.9でなく、3.8のtrace.hだったんですが、どちらをいじればいいのでしょうか？ここまでは、3.9の方をいじっているので3.8を書きえても意味がないですよね？

ご指摘の通り、QualNet 3.9 Programmer's Guide の Figure 4-38 のソース引用が古いままのようです。

ターゲットが QualNet 3.9 の場合、ここは 3.9 の trace.h の内容に読みかえていただき、3.9 の trace.h を編集してください。

3.9だとどこに書き込めばいいんでしょうか？
ちなみにFigure4-39も3.8の方が記載されているのですが。
後、3.8だとtcp.cppがないのですがどこをみればいいのでしょうか。

Figure 4-38 については、ProgrammersGuide の Note に記述されている通り、TRACE_ANY_PROTOCOL の手前に書き込んでください。

Figure 4-39 についてはどこに挿入してもかまいませんが、慣例として最後のメンバに追加します。
なお、ProgrammersGuide の Figure 4-39 の最後のメンバとして記述されている myprotocolVariable には、「；(セミコロン)」の記述がもれていますので、注意してください。

最後に tcp.cpp ですが、3.8, 3.9 ともにあると思いますが、見つかりませんか？

3.9にはありましたが、3.8には見当たりませんでした。
後、figure4-40のコードはどこを見たらいいのでしょうか？

まず、3.8の tcp.cpp が見当たらない件について
評価版の環境と混在していないか確認してみてください。評価版にはソースコードは含まれません。
ほかのソースファイルは存在していて tcp.cpp のみ存在しないようであれば、3.8でクリーンコンパイルを行った際にエラーが出るはずです。
原因が特定できないようであれば、おそらくそちらの環境特定の問題と思われますので、サポートまでお問い合わせください。
QUPユーザ様であれば qualnet_qup@kke.co.jp までお願いします。

次に figure 4-40 に関して
こちらは Programmer's Guide の 107ページ下、4.3.5.5.2 の記述にもありますが、のコードに含まれています。

tcp.cppを見たんですが、figure4-40のプログラムらしきものが多くてどこかわからないのですが。後、/* Initialize MYPROTOL. */はどこのプログラムの後に書き込めばいいのでしょうか？

フォーラム(post354) にも回答しましたが、Programmer's Guide の図(Figure)の説明は、その図の直前にある場合が多いです。どのファイルを修正すべきかはマニュアルのその図についての説明を読んでみてください。

前回回答しましたように、Figure 4-40 は、 QUALNET_HOME/transport/transport.cpp の内容なので、transport.cpp を編集してください。Figure 4-40 では、関数 TRANSPORT_Initialize() の最後に追加コードを記述すべきことを示しています。