Y) 現在パケットのバッファに挿入という場所を見ているのですが，
具体的に、どの場所(関数)を見ているのでしょうか?
AodvHandleProtocolPacketや、AodvHandleProtocolEventの
処理内容は見ましたか?

QualNetの場合、AODVに限らずパケットというよりMessage形式で処理を行っています。
Message処理する場合、MESSAGE APIを使うので探しやすいと思います。

それから、格納するのはパケットを出す側ですか、パケットを受け取る側ですか。