<expreiment-name>のほうは分かりませんが、
-np <x>が変わると結果が変わるというのは、以前私も経験しました。

SNTに問い合わせたところ、同時刻に起こるイベントが複数あった場合に、パラレル実行数が変わるとそれらのイベントの実行される順番が変わることがあり得る、ということでした。
その順番の狂いがきっかけとなってそれ以降の挙動が変わり、結果も異なるということになっているのだと思います。
が、いずれも間違った動作ではなく、評価結果の傾向が一転してしまうようなことは起こり得ないだろうと思います。

ちなみに、SNTからの回答によると、QualNet3.9.5でもこれは起こり、QualNet4.0では起こらないそうです。
4.0のイベントスケジューラは再現性を重視したためだそうです。
4.5でまた起こるようになったのは、10〜15%の高速化を図った代償として異なるパラレル実行数間での再現性を捨てたため、とのことです。

ただし、configファイルでSCHEDULER-QUEUE-TYPEというパラメータの値を変えることでイベントスケジューラを変えることができるので、
これでこの辺の調整はできるらしいです。
以下の３つが設定可能だそうです。

SCHEDULER-QUEUE-TYPE SPLAYTREE
SCHEDULER-QUEUE-TYPE STDLIB
SCHEDULER-QUEUE-TYPE CALENDAR

STDLIBが4.0のデフォルトスケジューラ、CALENDARが4.5のデフォルトスケジューラだそうなので、STDLIBにすれば同じ結果が得られるかもしれません。
よければ一度試してみてください。


なお、<experiment-name>のほうは、uzushioさんが埋め込んだバグの可能性が高いように思えます。 Bp

では。