確かseedならコマンドライン実行の引数で指定可能だった筈なので、
configの書き換えしなくても出来るんじゃないかと思います。

qualnet.exe <scenario-config> [output-stat-name] -seed N

結局はmarimoさんが書かれたように「シェルスクリプトで回す」ことにはなりますが。